조세특례법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

특례법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2015.12.15, 2016.12.20, 2018.12.24, 2021.12.28>

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

[전문개정 2010.1.1]

 

시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. <신설 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2006.4.28, 2008.2.22, 2009.6.26, 2010.2.18, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3, 2016.1.22>

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다. <신설 2002.12.30, 2005.2.19, 2008.6.20, 2009.10.8, 2010.2.18>

③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다. <신설 2003.12.30, 2005.2.19, 2009.1.6, 2010.2.18>

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2006.4.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2009.6.26, 2010.2.18, 2011.6.3, 2012.2.2, 2013.2.15, 2016.1.22>

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(도농) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2012.2.2, 2016.2.5>

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑥ 「소득세법」 제89조제1항제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2010.2.18>

⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. <개정 2001.12.31, 2005.2.19, 2008.12.31, 2010.2.18, 2015.2.3>

⑧ 법 제69조제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2002.12.30, 2010.2.18>

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업ㆍ폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

⑨ 법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2002.12.30, 2008.2.29>

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. <신설 2002.12.30, 2003.12.30>

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. <신설 2006.2.9, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.6.3, 2012.2.2>

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. <신설 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.8.30>

1. 「택지개발촉진법」 제3조에 따라 지정된 택지개발지구

2. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조ㆍ제7조ㆍ제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지

3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역

⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <신설 2006.2.9, 2009.2.4, 2012.2.2., 2015.2.3, 2016.2.5>

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. <신설 2014.2.21, 2016.2.5, 2017.2.7, 2020.2.11>

1. 「소득세법」 제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 「소득세법」 제24조제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조제5항제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

[제목개정 2001.12.31]

 

시행규칙 제27조(농지의 범위등)

① 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다. <개정 2002.3.30, 2003.3.24, 2005.12.31>

② 영 제66조제4항 및 제67조제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다. <개정 2002.3.30, 2003.3.24, 2005.3.11, 2005.12.31, 2006.4.17, 2006.7.5, 2007.11.23, 2010.4.20, 2011.8.3, 2014.3.14, 2017.3.17, 2018.3.21>

1. 양도자가 8년(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조제3항제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것. 이 경우 법 제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우로서 영 제66조제4항에 따른 농지에 해당하는지를 확인하는 경우 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 해당 농지등을 소유한 것으로 본다.

가. 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기사항증명서 또는 토지대장 등본의 확인

나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조제3항제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

가. 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 초본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

③ 영 제66조제4항제1호가목 및 제67조제8항제1호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 한다. 다만, 「택지개발촉진법」에 따른 택지개발사업 또는 「주택법」에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다. <개정 2018.3.21>

④ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제8항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관"이란 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다. <신설 2008.4.29, 2010.4.20, 2014.3.14>

⑤ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제8항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다. <신설 2008.4.29, 2010.4.20, 2014.3.14>

⑥ 영 제66조제7항 단서 및 제67조제7항 단서에 따른 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가는 보상금 산정 당시 해당 토지의 개별공시지가로 한다. <신설 2010.4.20, 2014.3.14>

⑦ 영 제66조제12항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다. <신설 2009.4.7, 2010.4.20, 2011.8.3, 2017.3.17, 2018.3.21>

1. 「공공주택 특별법」 제6조에 따라 지정된 공공주택지구

2. 「도시 및 주거환경정비법」 제16조에 따라 지정ㆍ고시된 정비구역

3. 「신항만건설 촉진법」 제5조에 따라 지정된 신항만건설 예정지역

4. 「도시개발법」 제3조 및 제9조에 따라 지정ㆍ고시된 도시개발구역

5. 「철도건설법」제9조에 따라 철도건설사업실시계획 승인을 받은 지역

6. 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 다른 법률에 따라 예정지구 또는 실시계획 승인을 받은 지역 등 해당 공익사업으로 인하여 해당 주민이 직접적인 행위제한(건축물의 건축, 토지의 형질변경ㆍ분할 등)을 받는 지역

대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두57038 판결 [양도소득세경정거부처분취소][공2017상,904] 【판시사항】 [1] 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서의 규정 취지 [2] 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입되고 또한 도시개발법 등에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따른 양도소득세 면제 제한이 적용되는 시점(=주거지역 등에 편입된 날과 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날)  [3] 갑이 8년 이상 자경한 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 공업지역으로 편입된 후 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정 공고가 난 상태에서 갑이 토지를 양도하고는 공업지역에 편입된 날을 기준으로 양도소득세를 신고하였다가 다시 환지예정지 지정일을 기준으로 과다납부한 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 하였으나 거부처분을 받은 사안에서, 위 토지는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 따라 갑의 토지 양도소득 중 공업지역 편입일까지 발생한 부분에 대해서만 양도소득세 면제대상이 될 수 있다고 한 사례  【판결요지】 [1] 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다.  [2] 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제69조 제1항 단서의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 볼 수 있을 뿐만 아니라, 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)에 따른 주거지역 등에 편입된 후 순차로 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우 주거지역 등에 편입된 때부터 이미 사실상 농지 외의 토지로 취급되어 거래가 이루어지므로, 이 경우에는 환지예정지 지정이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 등 편입 전까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세 면제대상이 된다. 한편 여기에서 ‘주거지역 등’은 주거지역·상업지역 및 공업지역만을 의미하는데, 농지가 국토계획법에 따른 녹지지역에 편입되었다가 이후 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우와 같이 주거지역 등에 편입됨이 없이 곧바로 환지예정지 지정이 이루어지는 경우도 있을 수 있으므로, 이와 같이 본다고 하여 구 조특법 제69조 제1항 단서 중 ‘환지예정지 지정을 받은 날까지’ 부분이 불필요하거나 무의미하게 되는 것도 아니다. 이러한 점들을 종합하여 보면, 구 조특법 제69조 제1항 단서에 따른 양도소득세 면제 제한은 국토계획법에 의하여 주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된다고 보아야 한다.  [3] 갑이 8년 이상 자경한 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 공업지역으로 편입된 후 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정 공고가 난 상태에서 갑이 환지 전에 토지를 양도하고는 공업지역에 편입된 날을 기준으로 양도소득세를 신고하였다가 다시 환지예정지 지정일을 기준으로 과다납부한 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 하였으나 거부처분을 받은 사안에서, 위 토지는 환지예정지 지정을 받기에 앞서 이미 공업지역으로 편입되었으므로 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 단서에 따라 갑의 토지 양도소득 중 공업지역 편입일까지 발생한 부분에 대해서만 양도소득세 면제대상이 될 수 있다고 보아야 하는데도, 환지예정지 지정일까지 발생한 양도소득에 대하여도 양도소득세가 면제된다고 보아 처분이 위법하다고 본 원심판단에 법리를 오해한 잘못이 있다고 한 사례.  【참조조문】 [1] 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 [2] 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 [3] 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항  【전 문】 【원고, 피상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 새시대 담당변호사 정영일) 【피고, 상고인】 북대전세무서장 【원심판결】 대전고법 2016. 10. 7. 선고 2016누11542 판결 【주 문】 원심판결을 파기하고, 사건을 대전고등법원에 환송한다. 【이 유】 상고이유를 판단한다. 1. 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제69조 제1항은 본문에서 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전부 면제한다고 규정하면서도, 그 단서에서는 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다)」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」또는 그 밖의 법률(이하 ‘도시개발법 등’이라 한다)에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하도록 정하고 있다.  이처럼 구 조특법 제69조 제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다. 구 조특법 제69조 제1항 단서의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 볼 수 있을 뿐만 아니라, 농지가 국토계획법에 따른 주거지역 등에 편입된 후 순차로 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우 주거지역 등에 편입된 때부터 이미 사실상 농지 외의 토지로 취급되어 거래가 이루어지므로, 이 경우에는 환지예정지 지정이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 등 편입 전까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세 면제대상이 된다고 봄이 타당하다. 한편 여기에서 ‘주거지역 등’은 주거지역·상업지역 및 공업지역만을 의미하는데, 농지가 국토계획법에 따른 녹지지역에 편입되었다가 이후 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우와 같이 주거지역 등에 편입됨이 없이 곧바로 환지예정지 지정이 이루어지는 경우도 있을 수 있으므로, 이와 같이 본다고 하여 구 조특법 제69조 제1항 단서 중 ‘환지예정지 지정을 받은 날까지’ 부분이 불필요하거나 무의미하게 되는 것도 아니다. 이러한 점들을 종합하여 보면, 구 조특법 제69조 제1항 단서에 따른 양도소득세 면제 제한은 국토계획법에 의하여 주거지역 등에 편입된 날과 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 날 중 빠른 날을 기준으로 적용된다고 보아야 한다.  2. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면 아래와 같은 사실을 알 수 있다. 가. 원고는 1990. 4. 23. 대전 유성구 (주소 1 생략) 답 523㎡에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마치고, 2003. 8. 7. 위 토지에 원고 소유의 인접 농지인 (주소 2 생략) 답 67㎡를 합병등기하였다. 합병 후 대전 유성구 (주소 1 생략) 답 590㎡는 그중 104㎡가 2013. 8. 1. (주소 3 생략)으로 분할되어 486㎡만 남게 되었다(이하 이처럼 분할되고 남은 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다).  나. 미래창조과학부장관은 2009. 7. 21. 구 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법(2012. 1. 26. 법률 제11232호로 법률 제명 변경되기 전의 것, 이하 ‘구 연구개발특구법’이라 한다)에 따라 이 사건 토지가 포함된 대전 유성구 ○○동 일대의 토지를 토지소유자에 의한 환지방식의 사업추진방식으로 개발한다는 내용으로 대덕연구개발특구 2단계 ○○지구 개발계획을 고시하였다.  다. 대전광역시장은 2011. 12. 28. 구 연구개발특구법 제27조 제1항 등에 따라 ‘대덕연구개발특구2단계(○○지구) 개발사업 실시계획 승인고시’를 하였고, 이에 따라 이 사건 토지는 국토계획법상 대전광역시 공업지역으로 편입되었다.  라. 대전광역시 유성구청장은 2012. 10. 25. ○○지구 개발사업조합장에게 ‘대덕연구개발특구2단계(○○지구) 환지계획 인가통보’를 하였고, ○○지구 개발사업조합은 2012. 11. 1. 조합원들에게 환지예정지 지정조서 및 환지예정지 지정설명서를 발송하였는데, 이에 따르면 이 사건 토지의 환지예정지는 △△블럭(가지번 □□□) 229.9㎡였다.  마. 대전광역시 유성구청장은 2013. 6. 21. 그 효력 발생일을 공고 당일로 하는 대덕연구개발특구 2단계(○○지구) 환지예정지 지정 공고를 하였으며, 이때 이 사건 토지의 환지예정지는 위 환지예정지 지정조서와 동일하게 지정되었다.  바. 원고는 2014. 9. 5. 주식회사 부원유앤아이에 이 사건 토지에 관하여 2014. 9. 1.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 2014. 9. 26. 피고에게 이 사건 토지가 주거지역 등에 편입된 날을 기준으로 감면세액을 29,858,108원으로 계산하여 양도소득세를 신고하였다.  사. 원고는 2014. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지에 관한 환지예정지 지정일을 기준으로 감면세액을 43,964,080원으로 계산하여야 한다는 이유로 과다납부한 양도소득세 14,105,972원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 2. 25. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.  3. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 토지는 2013. 6. 21. 도시개발법 등에 따라 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받기에 앞서 2011. 12. 28. 이미 국토계획법에 따른 공업지역으로 편입되었으므로, 구 조특법 제69조 제1항 단서에 따라 원고의 이 사건 토지 양도소득 중 공업지역 편입일인 2011. 12. 28.까지 발생한 부분에 대해서만 양도소득세 면제대상이 될 수 있다고 보아야 한다.  그럼에도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 토지에 관한 환지예정지 지정일인 2013. 6. 21.까지 발생한 양도소득에 대하여도 양도소득세가 면제된다고 보아 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심판단에는 구 조특법 제69조 제1항 단서의 적용범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.  4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.  대법관   김용덕(재판장) 김신 김소영(주심) 이기택

 

대법원 2015. 5. 29. 선고 2013두9410 판결 [양도소득세부과처분취소][공2015하,907] 【판시사항】 갑이 1993. 5. 4. 취득한 토지가 2005. 6. 27. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 주거지역으로 편입되었는데, 위 토지 일대가 2006. 7. 21. 택지개발예정지구로 지정·고시된 후 갑이 2009. 3. 6. 토지를 양도하면서 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 의한 자경농지 양도소득세 감면대상이라고 신고하였으나 과세관청이 위 토지가 감면대상이 아니라는 이유로 양도소득세 부과처분을 한 사안에서, 위 처분이 적법하다고 한 사례  【판결요지】 갑이 1993. 5. 4. 취득한 토지가 2005. 6. 27. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 주거지역으로 편입되었는데, 위 토지 일대가 2006. 7. 21. 택지개발예정지구로 지정·고시된 후 갑이 2009. 3. 6. 토지를 양도하면서 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제69조 제1항에 의한 자경농지 양도소득세 감면대상이라고 신고하였으나 과세관청이 위 토지가 감면대상이 아니라는 이유로 양도소득세 부과처분을 한 사안에서, 위 토지는 개발사업이 시행되기 전에 이미 주거지역에 편입된 후 그로부터 3년이 지나 양도되었을 뿐, 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지에 해당하지 아니하므로, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 제1호에서 정한 양도소득세 감면대상에서 제외되는 농지로 보아야 한다는 이유로, 구 조특법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 감면을 적용하지 아니한 처분이 적법하다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례.  【참조조문】 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 제1호 (나)목  【전 문】 【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 동인 담당변호사 이준근 외 1인) 【피고, 피상고인】 송파세무서장 【원심판결】 서울고법 2013. 4. 12. 선고 2012누9323 판결 【주 문】 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다. 【이 유】 상고이유를 판단한다. 1. 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제69조 제1항 본문은 ‘농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다’고 규정하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제66조 제4항은 제1호 본문에서 ‘8년 이상 자기가 경작한 농지’가 ‘양도일 현재 특별시·광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라고 한다)에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지’에 해당하는 경우에는 이를 양도소득세 감면대상에서 제외하도록 규정하는 한편, 제1호 단서, 같은 호 (나)목에서 이와 같이 ‘주거지역 등에 편입된 후 3년이 지난 농지이더라도’ ‘사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토계획법에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우’에는 이를 다시 양도소득세 감면대상에서 제외하지 아니하도록 규정하고 있다.  2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 1993. 5. 4. 취득한 이 사건 토지가 2005. 6. 27. 국토계획법에 의하여 제1종 일반주거지역으로 편입되었고, 원고는 그로부터 3년이 지난 2009. 3. 6. 이 사건 토지를 양도한 사실, 한편 건설교통부장관은 2006. 7. 21. 사업시행자를 한국토지공사로 하여 이 사건 토지가 속한 성남시 수정구 (주소 생략) 일대를 택지개발예정지구로 지정·고시한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 토지는 개발사업이 시행되기 전에 이미 주거지역에 편입된 후 그로부터 3년이 지나 양도되었을 뿐, 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지에 해당하지 아니하므로, 구 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호에서 규정한 양도소득세 감면대상에서 제외되는 농지로 보아야 한다는 이유로, 구 조특법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 감면을 적용하지 아니한 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 판단하였다.  앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 구 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호의 해석을 그르치거나 조세형평의 원칙에 관한 법리를 오해하여 판단을 누락하는 등의 잘못이 없다.  3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 대법관   박보영(재판장) 민일영 김신 권순일(주심)

 

대법원 2014. 4. 30. 선고 2011두18229 판결 [양도소득세부과처분취소][공2014상,1156] 【판시사항】 [1] 법령을 일부 개정하면서 개정 법령에 경과규정을 두지 않은 경우, 기존 법령 부칙의 경과규정이 실효되는지 여부(원칙적 소극) [2] 조세특례제한법 부칙(2005. 12. 31.) 제36조 제2항이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조세특례제한법이 효력을 발생한 이후에도 적용되는지 여부(적극)  【판결요지】 [1] 법령의 전부 개정은 기존 법령을 폐지하고 새로운 법령을 제정하는 것과 마찬가지여서 특별한 사정이 없는 한 새로운 법령이 효력을 발생한 이후의 행위에 대하여는 기존 법령의 본칙은 물론 부칙의 경과규정도 모두 실효되어 더는 적용할 수 없지만, 법령이 일부 개정된 경우에는 기존 법령 부칙의 경과규정을 개정 또는 삭제하거나 이를 대체하는 별도의 규정을 두는 등의 특별한 조치가 없는 한 개정 법령에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여 기존 법령 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다.  [2] 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’이라 한다)의 개정 형식과 취지, 개정법이 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘구 법’이라 한다) 부칙 제36조 제2항(이하 ‘구 법 부칙규정’이라 한다)을 개정하거나 삭제하지 아니한 점, 개정법이 구 법 제133조 제2항을 ‘제133조 제1항 제2호’로 자리를 옮겨 규정한 것은 관련 규정의 체계를 정비한 것일 뿐 감면 한도액 계산방법을 근본적으로 바꾸려는 취지는 아닌 점, 개정법 부칙 제29조는 문언상 개정법 제133조의 적용대상에 관한 사항을 규정하고 있음이 분명하여 구 법 부칙규정을 대체하는 규정으로 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 구 법 부칙규정은 개정법이 효력을 발생한 이후에도 실효되지 않고 계속 적용된다.  【참조조문】 [1] 구 조세특례제한법(2006. 1. 2. 법률 제7845호로 개정되기 전의 것) 제133조 제2항(현행 제133조 제1항 제2호 참조), 구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제133조 제1항 제2호 (가)목, (나)목, 조세특례제한법 부칙(2005. 12. 31.) 제36조 제2항, 부칙(2008. 12. 26.) 제29조 [2] 구 조세특례제한법(2006. 1. 2. 법률 제7845호로 개정되기 전의 것) 제133조 제2항(현행 제133조 제1항 제2호 참조), 구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제133조 제1항 제2호 (가)목, (나)목, 조세특례제한법 부칙(2005. 12. 31.) 제36조 제2항, 부칙(2008. 12. 26.) 제29조   【참조판례】 [1] 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결(공2002하, 2091) 【전 문】 【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 법무법인 이수 담당변호사 최성용) 【피고, 피상고인】 서초세무서장 【원심판결】 서울고법 2011. 7. 12. 선고 2010누38020 판결 【주 문】 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 【이 유】 상고이유를 판단한다. 법령의 전부 개정은 기존 법령을 폐지하고 새로운 법령을 제정하는 것과 마찬가지여서 특별한 사정이 없는 한 새로운 법령이 효력을 발생한 이후의 행위에 대하여는 기존 법령의 본칙은 물론 부칙의 경과규정도 모두 실효되어 더는 적용할 수 없지만, 법령이 일부 개정된 경우에는 기존 법령 부칙의 경과규정을 개정 또는 삭제하거나 이를 대체하는 별도의 규정을 두는 등의 특별한 조치가 없는 한 개정 법령에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여 기존 법령 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조).  2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘구 법’이라 한다)은 제133조 제2항으로 ‘5개 과세기간을 합산한 양도소득세의 감면 한도’에 관한 규정을 신설하면서, 그 전단에서 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)와 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)의 규정에 따른 양도소득세 감면의 경우에는 ‘5개 과세기간 동안 합계 1억 원의 한도 내에서만 양도소득세액을 감면한다’고 규정하고, 그 후단에서 ‘위 감면 한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다’고 규정하였다. 다만 그 부칙 제36조 제2항은 “제133조 제2항 후단의 개정 규정을 적용함에 있어서 이 법 시행 전에 제69조의 규정에 의하여 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.”는 경과규정(이하 ‘이 사건 구 법 부칙규정’이라 한다)을 두어 구 법 시행일인 2006. 1. 1. 이후에 제69조와 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액만을 합산하여 제133조 제2항의 감면 한도액을 산정하도록 하였다(구 법 제70조는 위 개정 당시 신설되었다).  그런데 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’이라 한다)은 구 법 제133조 제2항을 ‘제133조 제1항 제2호’로 자리를 옮겨 규정하면서, 2007. 1. 1.부터는 원칙적으로 실지거래가액을 기준으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세함에 따라 납세자의 세금 부담이 증가하는 것을 고려하여 양도소득세 감면 한도를 확대하려는 취지에서, 그 (가)목에서는 ‘제70조의 규정에 따른 양도소득세 감면에 대한 5개 과세기간 합계 감면 한도액을 1억 원’으로 새로 정하는 한편, (나)목에서는 ‘제69조와 제70조의 규정에 따른 양도소득세 감면에 대한 5개 과세기간 합계 감면 한도액을 3억 원’으로 증액하였다. 그리고 그 부칙에는 제29조로 ‘제133조의 개정 규정은 그 시행일(2008. 12. 26.)이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다’는 규정(이하 ‘이 사건 개정법 부칙규정’이라 한다)을 두었을 뿐 이 사건 구 법 부칙규정에 대하여는 별다른 경과규정을 두지 아니하였다.  위와 같은 개정법의 개정 형식과 취지, 개정법이 이 사건 구 법 부칙규정을 개정하거나 삭제하지 아니한 점, 개정법이 구 법 제133조 제2항을 ‘제133조 제1항 제2호’로 자리를 옮겨 규정한 것은 관련 규정의 체계를 정비한 것일 뿐 감면 한도액 계산방법을 근본적으로 바꾸려는 취지는 아닌 것으로 보이는 점, 그리고 이 사건 개정법 부칙규정은 그 문언상 개정법 제133조의 적용대상에 관한 사항을 규정하고 있음이 분명하여 이 사건 구 법 부칙규정을 대체하는 규정으로 볼 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 구 법 부칙규정은 개정법이 효력을 발생한 이후에도 실효되지 않고 계속 적용된다고 봄이 타당하다.  그런데도 원심은 이와 달리, 개정법에 이 사건 구 법 부칙규정에 해당하는 별도의 규정을 두지 아니한 이상 개정법이 효력을 발생한 이후에는 이 사건 구 법 부칙규정을 적용하여서는 아니 된다는 이유로, 원고가 2008. 9. 9.과 2008. 10. 28.에 양도한 자경농지인 이 사건 각 토지에 대한 양도소득세를 산정하면서 이 사건 구 법 부칙규정을 적용하지 아니한 채 개정법 제133조 제1항 제2호 (나)목에서 규정한 감면 한도액을 계산한 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하고 말았다. 이러한 원심의 판단에는 법령의 일부 개정에 따른 종전 부칙 경과규정의 효력에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.  그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.  대법관   조희대(재판장) 양창수 고영한(주심)

 

대법원 2012. 8. 30. 선고 2011두6585 판결 [양도소득세부과처분취소][미간행] 【판시사항】 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항이 정한 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 되는 소득을 산정하는 산식의 ‘주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가’에 적용될 개별공시지가(=주거지역 등에 편입된 날 등이 속한 연도의 개별공시지가) 및 편입시 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았다는 이유로 직전 연도의 개별공시지가를 적용하여야 하는지 여부(소극)  【참조조문】 구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것) 제66조 제7항, 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 (가)목, 소득세법 시행령 제164조 제3항  【전 문】 【원고, 피상고인】 원고 【피고, 상고인】 서인천세무서장 【원심판결】 서울고법 2011. 2. 11. 선고 2010누26072 판결 【주 문】 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다. 【이 유】 상고이유를 판단한다. 구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 농지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하되, 당해 농지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세를 면제하도록 규정하고, 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제7항은 위에서 말하는 ‘대통령령이 정하는 소득’을 산정하는 산식으로 ‘ 소득세법 제95조 제1항의 양도소득금액(이하 ‘양도소득금액’이라 한다) × (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ (이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)라고 규정하고 있다.  한편 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항은 ‘ 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다’고 규정하면서, 그 제1호 (가)목에서 ‘토지’에 관하여는 ‘「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가’를 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 ‘ 법 제99조 제1항 제1호 (가)목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다’고 규정하고 있다.  위 각 법령규정의 내용을 바탕으로, 이 사건 산식은 전체 양도소득금액을 ‘취득시부터 양도시까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득시부터 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날(이하 ‘편입시’라 한다)까지의 기준시가 상승분‘이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 면제대상인 취득시부터 편입시까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득시와 양도시 및 편입시의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득시 또는 양도시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 개별공시지가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 편입시에는 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 개별공시지가를 알 수 있다면 위 규정을 유추적용하거나 확대적용할 것이 아닌 점, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 제한하는 규정이므로 엄격하게 해석·적용할 필요가 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 산식에서의 ‘편입시의 기준시가’는 편입시가 속한 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 타당하고, 편입시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 개별공시지가를 적용할 것은 아니다.  원심이 위와 같은 취지에서 이 사건 산식 중 ‘주거지역 등에 편입된 날의 기준시가’에 관하여는 소득세법 시행령 제164조 제3항이 적용되지 않으므로 그 판시 농지의 ‘주거지역 등에 편입된 날의 기준시가’는 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가로 보아야 한다는 이유로, 이와 달리 위 기준시가를 2004. 1. 1. 기준 개별공시지가로 본 이 사건 처분이 위법하다고 판단한 조치는 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항의 산식에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.  그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 대법관   양창수(재판장) 박병대 고영한(주심) 김창석