자경농지로 양도세를 신고납부하였지만 세무서에서 자경농지에 해당하지 않는다며 양도세를 경정고지한 경우

[행정] 토지를 매도한 원고가 위 토지가 자경농지에 해당한다면서 양도소득세를 신고 납부하였으나 세무서장이 자경농지에 해당하지 않음을 이유로 양도소득세를 경정 고지한 사안에서 위 경정 고지처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 기각한 사례  (대구지법 2020구합21748) 

 

ㅇ 대구지방법원 2021. 6. 17. 선고 2020구합21748 판결(제2행정부, 이진관 부장판사)   

ㅇ 사실관계

- 원고는 1980. 6. 및 1996. 11.경 지목이 ’답‘인 각 토지의 소유권을 취득함

- 원고는 2018. 10.경 위 각 토지 중 각 1/2 지분에 관하여 매매를 원인으로 C, D에게 이전하여 양도함(이 사건 양도) 

- 원고는 2018. 11. 5. 구 조세특례제한법(2018. 10. 16. 법률 제15785호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항의 ‘자경농지에 대한 양도소득세 감면규정’을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 42,985,392원을 신고, 납부함 

 

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2015.12.15, 2016.12.20> ② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. ③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

- 피고(세무서)는 2019. 7. 18. 이 사건 토지가 이 사건 양도 당시 농지에 해당하지 않는다는 이유로 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 2018년 귀속 양도소득세 114,735,000원 (신고 및 납부불성실 가산세 포함)을 경정·고지함(이 사건 처분) 

- 원고는 이 사건 양도는 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따른 양도소득세 감면의 대상에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장하면서 이 사건 소를 제기함  

ㅇ 판결 요지

- 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문은 ‘농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.’고 규정 

- 구 조세특례제한법 시행령에 따르면, 위 감면규정의 적용을 받기 위해서는 양도일 현재 농지에 해당하여야 하고, 거주자가 8년 이상 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였어야 하며, 소득세법에 따른 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간을 제외한 경작기간이 8년 이상이어야 하고, 위 감면요건에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있음 

- 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 1996. 11.경부터 2008. 4.경까지, 2017. 11. 경부터 이 사건 양도일인 2018. 10. 31.까지 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였다는 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없음 

- 설령, 원고의 주장과 같이 원고가 이 사건 토지에서 8년 이상 자경한 사실이 인정된다고 하더라도 위 감면규정의 입법목적에 비추어 당해 토지가 상당한 기간 동안 농지 이외의 용도로 사용되어 사실상 농지로서의 기능을 상실하였다가 매각 직전에 일시 농지로 사용한 경우까지 자경농지로 인한 양도소득세 감면이라는 혜택을 부여할 수는 없는 것인데, 이 사건 토지는 2004년경 이후부터 계속하여 고물 야적장 등의 용도로 사용되다가 매수인으로부터 계약금을 받은 직후 야적장을 정리하고 작물 경작용으로 이용되었던바, 이는 이 사건 토지를 양도하기로 결정이 난 이후 자경농지로 인한 양도소득세 감면규정을 적용받기 위해서 의식적으로 이 사건 토지에서 경작을 개시한 것으로 볼 수밖에 없으므로, 이 사건 토지의 양도는 구 조세특례제한법 제69조 및 구 조세특례제한법 시행령 제66조 소정의 ‘양도일 현재 농지’에 해당하지 않는다고 봄이 타당함 

- 이에 원고의 청구를 기각함 

 

대구지방법원_2020구합21748(비실명화).pdf

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