법인의 토지 등 양도소득세에 대한 과세특례

 

 

Ⅴ. 토지 등 양도소득에 대한 과세특례

2002.1.1. 이후 양도 분부터 특정지역에 소재하는 토지 및 건물을 양도할 때 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부하는 것과는 별도로 지가급등지역에 대한 “토지 등 양도소득에 대한 법인세”를 추가로 납부하여야 합니다. 또한 2004.1.1.이후부터는 주택 및 부수토지의 양도소득에 대하여 법인세가 추가 과세되었으며, 2007.1.1.이후부터는 비사업용 토지 양도소득에 대해 법인세를 추가 납부하여야 합니다.

☞ 다만, 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우 동 규정이 적용되지 아니하는 것입니다(다만, 지정지역안의 주택을 양도한 경우 양도소득의 10% 추가납부함.

☞지정지역 : 서울특별시 강남구･서초구･송파구, 기획재정부공고 제2008-104호, 2008.11.7.)

1. 지가급등지역 토지 등 양도소득에 대한 과세특례

부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산은 양도소득의 10%를 법인세액에 추가하여 납부하여야 합니다.(법§55의2 ①1다.)

※ 지가급등지역에 대한 대통령령이 삭제됨(영§92의2①, 2009.6.8.)

 

2. 주택 및 부수토지 양도소득에 대한 과세특례

국내 소재 주택으로서 다음에 해당되지 아니하는 주택(부수토지를 포함)를 양도한 경우에는 토지 등 양도소득의 30%(미등기의 경우 40%)를 법인세액에 추가하여 납부하여야 합니다.(법§55의2 ①2.)

주택 부수토지는 건물이 정착된 면적 5배(도시지역 외 10배)와 건물의 연면적의 1배 중 넓은 면적을 말합니다.

<과세제외 대상>

1. 5호 이상의 국민주택을 임대하는 법인이 10년 이상 임대한 국민주택 ☞ 수도권밖의 임대주택은 주택연면적이 149㎡이하, 의무임대기간이 7년이상, 1호 이상 임대할 경우 적용제외(2008.10.7 이후 최초 양도분부터 적용) 2. 대지면적 298㎡ 이하, 주택의 연면적이 149㎡ 이하인 건설임대 주택을 2호 이상 임대하는 법인이 5년 이상 임대하는 건설임대주택(취득 당시 주택 및 부수토지의 기준시가 6억원 이하) ☞ 2008.7.23 이전 양도분은 양도 당시 기준시가 6억원 이하 3. 대지면적 298㎡ 이하, 주택의 연면적이 149㎡ 이하인 주택 5호 이상을 2008.1.1.～2008.12.31.까지 취득 및 임대하는 부동산투자회사 및 부동산간접투자기구가 10년 이상 임대하는 수도권 밖의 매입임대주택(2008.2.22. 신설) 4. 같은 시․군에서 대지면적 298㎡ 이하, 주택의 연면적이 149㎡ 이하인 주택 5호 이상을 2008.6.11.～2009.6.30.까지 분양계약금을 납부 매입하고 임대하는 법인이 5년 이상 임대하는 수도권 밖의 미분양(2008.6.10.까지) 매입임대주택(2008.7.24. 신설) 5. 주주 등이 아닌 임원 및 사용인에게 제공하는 사택 및 무상임대주택으로서 제공기간이 10년 이상인 주택 6. 저당권 실행․채권 변제로 취득한 주택으로 3년 미경과 주택 등 ☞ 저당권 실행으로 취득한 주택의 경우 2006.2.9.이후 최초로 양도하는 분부터 적용

3. 비사업용 토지 양도소득에 대한 과세특례

2007.1.1.이후 비사업용 토지에 해당하는 부동산의 양도로 발생한 양도소득에 30%(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 40%)를 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 합니다.(법§55의2 ①3.)

[1] 토지의 이용현황 기준(법§55의 2 ②)

(가) 비사업용 토지로 보는 농지(전․답․과수원)

○ 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지

- 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지는 제외(영§92의5③)

○ 특별시․광역시 및 시지역 중 도시지역 안의 농지(도시지역으로 편입된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 농지를 제외)

<농업의 주업 판정기준>

- 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주업으로 함(영§92의5 ②)

- 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조․생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 봄

* 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율이 50% 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 봄

(나) 임야

○ 임야는 원칙적으로 모두 비사업용 토지에 해당함

○ 비사업용 토지에서 제외 되는 임야

- 산림유전자원보호림․보안림․채종림․시험림 등 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야

- 임업을 주업으로 하는 법인 또는 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야(도시지역 안의 임야로서 도시지역으로 편입된 날로부터 2년이 경과한 임야를 제외)

＊ 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업연도 종료일 현재 당해 법인의 총자산가액 중 당해 사업에 공여되는 자산의 가액이 큰 사업을 주업으로 함(영§92의6 ②)

- 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야

(다) 비사업용 토지로 보는 목장용지(업무와 직접 관련 있으면 제외)

○ 목장용지로서 축산용 토지의 기준면적 초과토지

○ 특별시․광역시 및 시지역의 도시지역 안에 있는 목장용지(도시지역 등으로 편입된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 목장용지를 제외)

○ 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지

<축산업의 주업 판정기준>(영§92의7 ③)

- 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주업으로 함(농업협동조합법에 의하여 설립된 농업협동조합과 농업협동조합중앙회는 축산업을 주업으로 하는 법인으로 봄)

- 당해 법인이 축산업에 직접 사용한 목장용지에 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 축산업을 주업으로 하는 것으로 봄

* 당해 법인이 생산한 축산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율이 50% 미만인 경우에는 당해 목장용지 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 목장용지에 한하여 축산업을 주업으로 하는 것으로 봄

(라) 농지, 임야 및 목장용지 외의 비사업용에 해당하는 토지

○ 지방세법상 재산세 종합합산과세대상 토지(재산세 종합합산과세대상이나 사업에 사용하는 토지는 제외)

○ 주택 부수토지 기준면적 초과토지*

* 도시지역 안의 토지 : 5배, 도시지역 밖의 토지 : 10배

○ 별장과 그 부속토지 등

※ 토지 지목을 판정함에 있어 법인세법에 특별한 규정이 없는 경우 사실상 현황에 의하고, 사실상 현황이 불분명한 경우 공부상 등재현황에 의함(영§92의4)

[2] 토지의 소유기간 기준(영§92의 3)

(가) 비사업용토지에 해당하는 경우

○ 소유기간이 5년 이상인 경우

⇨ 사업에 사용하지 아니한 기간이 ①, ②, ③ 모두에 해당하는 경우

① 양도일 직전 5년 중 2년 초과 ② 양도일 직전 3년 중 1년 초과 ③ 토지 소유기간의 20%에 상당하는 기간을 초과

○ 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우

⇨ 사업에 사용하지 아니한 기간이 ①, ②, ③ 모두에 해당하는 경우

① 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과 ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과 ③ 토지 소유기간의 20%에 상당하는 기간을 초과

○ 소유기간이 3년 미만인 경우

⇨ 사업에 사용하지 아니한 기간이 ①, ② 모두에 해당하는 경우

(다만, 소유기간이 2년 미만이면 ①은 적용하지 아니함)

① 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과 ② 토지 소유기간의 20%에 상당하는 기간을 초과

※ 토지의 이용현황 기준으로 비사업용토지에 해당하더라도 토지의 소유기간에 따른 비사업용 토지로 보는 기간 기준을 충족하지 않으면 비사업용 토지에 해당하지 않음

(나) 부득이한 사유에 의한 비사업용 토지판정 유예(영92조의 11 ①)

○ 토지 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 등 부득이한 사유가 있는 경우 해당 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니함

① 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

② 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

③ 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용 상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간(규칙§46의2 ①)

(다) 비사업용 토지의 기간기준 특례(영§92조의 11 ②)

○ 사업에 사용하지 못하는 부득이한 사유가 있는 경우 부득이한 사유가 발생한 날을 양도일로 보아 기간기준을 적용하여 사업용 여부를 판정

① 민사집행법에 따른 경매에 따라 양도된 토지 : 최초의 경매기일

② 국세징수법에 따른 공매에 따라 양도된 토지 : 공매일

③ 토지의 양도에 일정한 기간이 소요되는 경우 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 날

 

4. 비과세

 

파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득, 법인이 직접 경작하던 농지로서 소득영 제153조 제1항의 규정에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득, 도시및주거환경정비법 그밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 않습니다.(법§55의2 ④)

 

☞ 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득은 적용제외

 

※ 토지 등 양도소득에 대한 추가납부 관련 규정

◈ 토지 등 양도소득(법§55의2 ⑥)

=

토지 등의 양도금액

－

양도 당시의 세무상 장부가액

☞ 양도를 위하여 지출하는 비용은 양도금액에서 차감하지 아니함

 

◈ 미등기(법§55의2 ⑤)

장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 취득등기가 불가능한 토지 등을 제외하고 취득등기를 하지 아니하고 양도한 경우를 말합니다.

◈ 비사업용 토지 추가 과세시 양도차손 통산(영§92의2⑨)

○ 법인이 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가과세시 양도차손이 발생하는 경우 아래 순서로 양도차손을 차감함

1. 양도차손이 발생한 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득

2. 양도차손이 발생한 자산과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득

  

【참고 : 예규】

○ 건축허가가 제한된 경우 비사업용 토지 해당 여부

내국법인이 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 건축허가를 신청하였으나 ｢건축법｣ 제12조의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축할 수 없게 된 토지는 건축허가가 제한된 기간 동안 ｢법인세법｣ 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하는 것이지만,

부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 적용하지 아니하는 것임 (법인세과-2892, 2008.10.15)

○ 법령에 의해 사용이 제한된 토지가 다른 법령에 의해 계속 제한된 경우 비사업용 여부

법인이 법령에 의해 사용이 제한된 토지를 취득한 이후 당해 법령에 의한 사용 제한이 해제되고, 다른 법령에 의해 계속 당해 토지의 사용이 제한된 경우에는 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의 11 제1항 제1호의 규정에 의한 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당하지 아니하는 것임 (서면2팀-1197, 2008.06.13)

○ 재산세 별도합산 또는 분리과세대상 토지의 비사업용 여부

지방세법제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지는 법인세법제55조의 2 제2항 제4호 나목의 규정에 의해 당해 토지를 보유하는 기간 동안 ‘비사업용 토지’로 보는 기간에서 제외하도록 되어 있음 (서면2팀-927, 2008.5.14)

○ 임야를 대지로 전환 및 농지법에 의하여 농지전용허가를 받아 건물을 착공한 경우 비사업용 해당 여부

지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 대하여는 소득세법 시행규칙 제83조의 5 제1항 제5호의 규정이 적용되는 것이며, 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였는지 여부는 당해 토지의 취득ㆍ착공ㆍ사용현황 등에 따라 판단할 사항임 (재재산-1227,1228, 2007.10.10)

○ 법인이 임야를 취득하여 주택용지로 분양한 경우

부동산개발 및 분양업을 영위하는 법인이 임야를 취득하여 전원주택 신축허가를 받아 토목공사를 완료한 후 건축공사 착공 전에 당해 토지를 토목공사 준공 전 임야상태 또는 토목공사 준공 후 대지로 지목 변경한 상태에서 주택용지로 분양하는 경우에는 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하는 것임 (서면2팀-1269, 2007.7.4 )

○ 토지를 2년 미만 보유 시 비사업용 토지 해당 여부 판단

소유기간이 2년 미만인 토지는 비사업용 토지의 기간기준 요건 중 ‘토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간’을 충족하는 것으로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정함(서면2팀-1053, 2007.5.30)

○ 비영리법인의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용

비영리법인이 자산양도소득에 대해 특례규정에 따라 양도소득세를 준용하여 계산한 경우로서, 소득세법상 중과규정(비사업용 토지 등)이 적용된 경우에는 법인세법상 ‘토지 등 양도소득 과세특례’가 적용되지 아니함 (서면2팀-640, 2007.4.12)

○ 부동산매매업에 대한 세액계산 특례

부동산매매업 법인이 법인세법 제55조의 2 규정에 의하여 ‘토지 등 양도소득에 대한 과세특례’ 적용대상 임야를 양도하는 경우에는 동 규정에 의해 계산한 세액을 법인세에 추가하여 납부하여야 하는 것이며,

토지 등 양도소득은 같은 조 제6항의 규정에 의하여 토지 등의 양도금액에서 양도당시의 장부가액을 차감한 금액으로 하는 것으로, 이 경우 양도당시의 장부가액에는 양도를 위하여 지출하는 비용은 포함하지 않는 것임. (서면2팀-587, 2007.4.3)