농지보전부담금 감면규정을 적용하지 않은 채 부과처분을 한 사안

 

2021두44944   농지보전부담금 부과처분 취소등 청구의 소   (바)   파기환송

[농지보전부담금 감면규정을 적용하지 않은 채 부과처분을 한 사안]

◇농지법 시행령 제52조와 [별표 2] (주)목에서 정한 농지보전부담금 감면 규정이 부담금 감면에 관한 특혜규정에 해당하는지 여부(적극) 및 위 감면 규정의 해석 방법◇

농지법시행령 제52조(농지보전부담금의 감면) 법 제38조제6항에 따른 농지보전부담금의 감면대상 및 감면비율은 별표 2와 같다. <개정 2016.1.19> 농지법 제38조(농지보전부담금) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 "농지보전부담금"이라 한다)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다. <개정 2009.5.27>  1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자 2. 제34조제2항제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지(같은 호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 포함한다)를 전용하려는 자  2의 2. 제34조제2항제1호의2에 따라 농지전용에 관한 협의를 거친 구역 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자 3. 제34조제2항제2호에 따라 농지전용협의를 거친 농지를 전용하려는 자 4. 삭제 <2023.8.16> 5. 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자 ② 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 농지보전부담금을 한꺼번에 내기 어렵다고 인정되는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 나누어 내게 할 수 있다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2015.1.20>  1. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관과 「지방공기업법」에 따른 지방공기업이 산업단지의 시설용지로 농지를 전용하는 경우 등 대통령령으로 정하는 농지의 전용  2. 농지보전부담금이 농림축산식품부령으로 정하는 금액 이상인 경우 ③ 농림축산식품부장관은 제2항에 따라 농지보전부담금을 나누어 내게 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 나누어 내려는 자에게 나누어 낼 농지보전부담금에 대한 납입보증보험증서 등을 미리 예치하게 하여야 한다. 다만, 농지보전부담금을 나누어 내려는 자가 국가나 지방자치단체, 그 밖에 대통령령으로 정하는 자인 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23>  ④ 농지를 전용하려는 자는 제1항 또는 제2항에 따른 농지보전부담금의 전부 또는 일부를 농지전용허가ㆍ농지전용신고(다른 법률에 따라 농지전용허가 또는 농지전용신고가 의제되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다) 전까지 납부하여야 한다. <신설 2015.1.20>    ⑤ 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 환급하여야 한다. <개정 2015.1.20> 1. 농지보전부담금을 낸 자의 허가가 제39조에 따라 취소된 경우 2. 농지보전부담금을 낸 자의 사업계획이 변경된 경우 2의 2. 제4항에 따라 농지보전부담금을 납부하고 허가를 받지 못한 경우 3. 그 밖에 이에 준하는 사유로 전용하려는 농지의 면적이 당초보다 줄어든 경우 ⑥ 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2015.1.20>  1. 국가나 지방자치단체가 공용 목적이나 공공용 목적으로 농지를 전용하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 중요 산업 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 3. 제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 ⑦ 농지보전부담금은 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 범위에서 대통령령으로 정하는 부과기준을 적용하여 산정한 금액으로 하되, 농업진흥지역과 농업진흥지역 밖의 농지를 차등하여 부과기준을 적용할 수 있으며, 부과기준일은 다음 각 호의 구분에 따른다. <개정 2015.1.20, 2016.1.19, 2018.12.24>  1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 경우: 허가를 신청한 날 2. 제34조제2항에 따라 농지를 전용하려는 경우: 대통령령으로 정하는 날 3. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 경우: 대통령령으로 정하는 날 4. 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 경우: 신고를 접수한 날 ⑧ 농림축산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 납부기한까지 내지 아니하면 납부기한이 지난 후 10일 이내에 납부기한으로부터 30일 이내의 기간을 정한 독촉장을 발급하여야 한다. <개정 2009.5.27, 2013.3.23, 2015.1.20, 2018.12.24> ⑨ 농림축산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 납부기한까지 부담금을 내지 아니한 경우에는 납부기한이 지난 날부터 체납된 농지보전부담금의 100분의 3에 상당하는 금액을 가산금으로 부과한다. <신설 2009.5.27, 2012.1.17, 2013.3.23, 2015.1.20, 2018.12.24>  1. 삭제 <2015.1.20> 2. 삭제 <2015.1.20> ⑩ 농림축산식품부장관은 농지보전부담금을 체납한 자가 체납된 농지보전부담금을 납부하지 아니한 때에는 납부기한이 지난 날부터 1개월이 지날 때마다 체납된 농지보전부담금의 1천분의 12에 상당하는 가산금(이하 "중가산금"이라 한다)을 제9항에 따른 가산금에 더하여 부과하되, 체납된 농지보전부담금의 금액이 100만원 미만인 경우는 중가산금을 부과하지 아니한다. 이 경우 중가산금을 가산하여 징수하는 기간은 60개월을 초과하지 못한다. <신설 2015.1.20>  ⑪ 농림축산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 독촉장을 받고 지정된 기한까지 부담금과 가산금 및 중가산금을 내지 아니하면 국세 또는 지방세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다. <신설 2009.5.27, 2013.3.23, 2015.1.20>  ⑫ 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있으면 해당 농지보전부담금에 관하여 결손처분을 할 수 있다. 다만, 제1호ㆍ제3호 및 제4호의 경우 결손처분을 한 후에 압류할 수 있는 재산을 발견하면 지체 없이 결손처분을 취소하고 체납처분을 하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2009.5.27, 2013.3.23, 2015.1.20>  1. 체납처분이 종결되고 체납액에 충당된 배분금액이 그 체납액에 미치지 못한 경우 2. 농지보전부담금을 받을 권리에 대한 소멸시효가 완성된 경우 3. 체납처분의 목적물인 총재산의 추산가액(추산가액)이 체납처분비에 충당하고 남을 여지가 없는 경우 4. 체납자가 사망하거나 행방불명되는 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 징수할 가능성이 없다고 인정되는 경우 ⑬ 농림축산식품부장관은 제51조에 따라 권한을 위임받은 자 또는 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제35조제2항에 따라 농지관리기금 운용ㆍ관리 업무를 위탁받은 자에게 농지보전부담금 부과ㆍ수납에 관한 업무를 취급하게 하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 수수료를 지급하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2008.12.29, 2009.5.27, 2012.1.17, 2013.3.23, 2015.1.20>  ⑭ 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 제1항에 따라 수납하는 농지보전부담금 중 제13항에 따른 수수료를 뺀 금액을 농지관리기금에 납입하여야 한다. <개정 2009.5.27, 2015.1.20>  ⑮ 농지보전부담금의 납부기한, 납부 절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2009.5.27, 2015.1.20>

[별표 2] 농지보전부담금 감면대상 및 감면비율(제52조 관련)(농지법 시행령).hwp

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  가. 1) 농지법은 농지의 소유ㆍ이용 및 보전 등에 필요한 사항을 정함으로써 농지를 효율적으로 이용하고 관리하여 농업 경쟁력 강화와 국민경제의 균형 있는 발전 및 국토 환경 보전에 이바지하는 것을 목적으로 한다(제1조). ‘농지의 전용’은 농지를 농작물 경작 등 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말하고(제2조 제7호), 농지를 전용하려면 농림축산식품부장관의 허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다)를 받아야 한다(제34조 제1항). 농지전용허가를 받거나 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위하여 농지보전부담금을 납부하여야 한다(제38조). 

   2) 농지보전부담금의 부과금액은 아래에서 보는 부과기준일 현재의 제곱미터당 금액에 전용하는 농지의 면적을 곱하여 산출하고, 제곱미터당 금액은 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 100분의 30으로 한다[구 농지법 시행령(2019. 6. 25. 대통령령 제29906호로 개정되기 전의 것) 제47조 제2항, 제53조 제1항]. 

   다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하는 경우의 농지보전부담금 부과기준일에 관하여, 구 농지법 시행규칙(2016. 1. 21. 농림축산식품부령 제195호로 개정되기 전의 것) 제39조 제5호 (가)목은 ‘다른 법률에 따른 인가ㆍ허가ㆍ실시계획승인ㆍ조성계획승인 등을 받은 날 또는 신고를 수리한 날’로 규정하였다가, 2016. 1. 21. 개정으로 ‘다른 법률에 따른 인가 등을 신청한 날 또는 신고를 접수한 날’로 규정하였다. 

   3) 농림축산식품부장관은 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다(농지법 제38조 제6항 제3호). 
   농지법 시행령이 2014. 12. 30. 대통령령 제25917호로 개정되면서 제52조, [별표 2] (주)목을 신설하여 ｢주한미군기지 이전에 따른 평택시 등의 지원 등에 관한 특별법｣(이하 ‘미군이전평택지원법’이라 한다) 제16조에 따른 개발사업(이하 ‘평택시개발사업’이라 한다)의 시행자가 조성하는 산업단지에 관하여 농업진흥지역 밖에 조성된 경우에는 농지보전부담금의 50%를 감면할 수 있도록 이 사건 감면규정을 신설하되, 다만 그 대상을 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 농지전용허가를 신청하거나 농지전용 신고를 하는 경우로 제한하였다. 부칙에서 위 개정 시행령은 2015. 1. 1.부터 시행하되, 그 시행 전에 농지전용허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제된 경우를 포함한다)를 신청한 것에 대한 농지보전부담금의 감면은 [별표 2]의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 정하였다(부칙 제1조, 제4조). 

  나. 1) 조세 또는 부담금의 감면에 관한 법령 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에 부합한다(조세의 감면에 관한 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결, 대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결, 부담금 또는 부과금의 감면에 관한 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결, 대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두11474 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두36331 판결, 대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585 판결 등 참조). 

   2) 미군이전평택지원법은 주한미군의 기지이전을 위한 시설사업을 원활하게 시행하고 주한미군의 기지가 이전되는 평택시 등 지방자치단체에 대한 지원을 통하여 지역발전을 촉진하며 이전지역 주민의 권익을 보호하는 데에 그 입법목적이 있다(제1조). 위 법은 주한미군의 기지이전을 위한 시설사업을 원활히 시행하기 위하여 제4조 내지 제13조에 이에 관한 인허가의 의제, 각종 부담금의 필수적 면제, 특별회계의 설치 등에 관한 규정을 두고 있다. 위 법은 나아가 제14조 이하에서 평택시 지역 개발에 관한 각종 혜택을 부여하는 규정을 두었으며, 특히 제20조에서 국가 및 지방자치단체로 하여금 평택시개발사업의 원활한 시행을 위하여 필요한 경우 평택시개발사업의 시행자에게 농지법 등이 정하는 바에 따라 농지보전부담금 등을 감면할 수 있도록 하는 규정을 두었다. 이에 따라 농지법 시행령은 앞서 살펴 본 바와 같이 평택시개발사업의 시행자가 농업진흥지역 밖에 조성하는 산업단지에 관하여 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 농지전용허가를 신청하는 경우에 한하여 농지보전부담금의 50%를 감면할 수 있도록 하는 이 사건 감면규정을 도입하였다.
   따라서 이 사건 감면규정은 부담금 감면에 관한 특혜규정에 해당하고, 농지법 시행령이 2014. 12. 30. 개정되면서 시행일인 2015. 1. 1.부터 향후 3년간 농지전용허가를 신청하는 경우에 한하여 감면을 할 수 있도록 규정한 입법취지에 비추어 공평의 원칙에 어긋나지 않도록 엄격하게 해석하여야 한다. 

☞  피고 경기도지사는 당초 개발기간을 ‘2013. 12. 31.까지’로 하여 甲을 사업시행자로 하는 평택 브레인시티 일반산업단지계획을 승인하였음(‘이 사건 승인’). 피고 경기도지사는 이후 개발기간을 연장하는 등의 내용으로 변경 승인․고시를 하였음. 그 과정에서 원고 1이 사업시행자로 추가되고, 원고 2가 甲의 지위를 승계하였음 

☞  원심은 이 사건 승인이 개발기간 도과 등의 사유로 실효되어 이 사건 승인에 따라  의제된 농지전용허가의 효력도 함께 소멸되었고, 이후 일련의 변경고시는 새로운 승인으로 보아야 하므로, 구 농지법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28653호로 개정되기 전의 것) 제52조, [별표 2] (주)목에서 정한 감면 요건이 충족되었음에도 피고 농림축산식품부장관이 감면하지 않고 농지보전부담금을 부과한 것은 위법하다고 판단하였음 

☞  대법원은, 이 사건 승인과 그 이후 이루어진 일련의 변경고시는 단일한 목적 내지  의사 하에 이루어진 일련의 처분에 해당하며, 그 과정에서 이 사건 사업이 시행되는   대상지역이 부분적인 위치와 면적 외에는 변경되지 않았던 이상, 일련의 변경고시를   통해 의제된 농지전용허가 역시 이와 동일하게 평가할 수 있으므로, 피고 농림축산식품부장관이 부과한 농지보전부담금은 2015. 1. 1. 전에 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 협의를 신청한 경우에 대하여 부과된 것으로 보아야 하며, 평택시개발사업에 따라 조성되는 산업단지는 이 사건 감면규정에서 정한 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기·환송함 

 

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대        법        원
제     2     부
판           결
사       건 2021두44944  농지보전부담금 부과처분 취소등 청구의 소
원고, 피상고인 평택도시공사 외 1인  
        소송대리인 변호사 류용호 외 2인
피고               1. 경기도지사     
피고, 상고인 2. 농림축산식품부장관   
피고보조참가인 한국농어촌공사
         소송대리인 변호사 박주명
원 심 판 결 서울고등법원 2021. 6. 18. 선고 2020누52803 판결
판 결 선 고         2023. 9. 14.

주       문
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이       유

  피고 농림축산식품부장관과 피고보조참가인의 상고이유를 함께 판단한다. 

  1. 원심의 판단

   원심은 피고 경기도지사가 2010. 3. 15. 승인ㆍ고시한 평택 ○○ 일반산업단지계획(경기도 고시 제2010-70호, 이하 ‘이 사건 승인’이라 한다)은 개발기간 도과 등의 사유로 실효되어 이 사건 승인에 따라 의제된 농지전용허가의 효력도 함께 소멸되었고, 이후 2016. 7. 1.경 신청되어 2016. 8. 26.경 승인된 이 사건 1차 변경고시 및 그 이후 일련의 변경고시는 개발기간 연장 등 변경승인의 형식을 취하였으나 새로운 승인으로 보아야 하므로, 구 농지법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28653호로 개정되기 전의 것) 제52조, [별표 2] (주)목에서 정한 감면 요건이 충족되었음에도 피고 농림축산식품부장관이 감면을 하지 않고 농지보전부담금을 부과한 것은 위법하다고 보아, 원고들의 피고 농림축산식품부장관에 대한 주위적 청구가 이유 있다고 판단하였다.  

  2. 대법원의 판단

   가. 1) 농지법은 농지의 소유ㆍ이용 및 보전 등에 필요한 사항을 정함으로써 농지를 효율적으로 이용하고 관리하여 농업 경쟁력 강화와 국민경제의 균형 있는 발전 및 국토 환경 보전에 이바지하는 것을 목적으로 한다(제1조). ‘농지의 전용’은 농지를 농작물 경작 등 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말하고(제2조 제7호), 농지를 전용하려면 농림축산식품부장관의 허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 포함한다)를 받아야 한다(제34조 제1항). 농지전용허가를 받거나 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위하여 농지보전부담금을 납부하여야 한다(제38조).   

    2) 농지보전부담금의 부과금액은 아래에서 보는 부과기준일 현재의 제곱미터당 금액에 전용하는 농지의 면적을 곱하여 산출하고, 제곱미터당 금액은 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 100분의 30으로 한다[구 농지법 시행령(2019. 6. 25. 대통령령 제29906호로 개정되기 전의 것) 제47조 제2항, 제53조 제1항].  

     다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하는 경우의 농지보전부담금 부과기준일에 관하여, 구 농지법 시행규칙(2016. 1. 21. 농림축산식품부령 제195호로 개정되기 전의 것) 제39조 제5호 (가)목은 ‘다른 법률에 따른 인가ㆍ허가ㆍ실시계획승인ㆍ조성계획승인 등을 받은 날 또는 신고를 수리한 날’로 규정하였다가, 2016. 1. 21. 개정으로 ‘다른 법률에 따른 인가 등을 신청한 날 또는 신고를 접수한 날’로 규정하였다.  

    3) 농림축산식품부장관은 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다(농지법 제38조 제6항 제3호).   

     농지법 시행령이 2014. 12. 30. 대통령령 제25917호로 개정되면서 제52조, [별표 2] (주)목을 신설하여 ｢주한미군기지 이전에 따른 평택시 등의 지원 등에 관한 특별법｣(이하 ‘미군이전평택지원법’이라 한다) 제16조에 따른 개발사업(이하 ‘평택시개발사업’이라 한다)의 시행자가 조성하는 산업단지에 관하여 농업진흥지역 밖에 조성된 경우에는 농지보전부담금의 50%를 감면할 수 있도록 이 사건 감면규정을 신설하되, 다만 그 대상을 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 농지전용허가를 신청하거나 농지전용 신고를 하는 경우로 제한하였다. 부칙에서 위 개정 시행령은 2015. 1. 1.부터 시행하되, 그 시행 전에 농지전용허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제된 경우를 포함한다)를 신청한 것에 대한 농지보전부담금의 감면은 [별표 2]의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 정하였다(부칙 제1조, 제4조).  

   나. 1) 조세 또는 부담금의 감면에 관한 법령 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에 부합한다(조세의 감면에 관한 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결, 대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결, 부담금 또는 부과금의 감면에 관한 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결, 대법원 2012. 5. 10. 선고 2010두11474 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두36331 판결, 대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585 판결 등 참조). 

    2) 미군이전평택지원법은 주한미군의 기지이전을 위한 시설사업을 원활하게 시행하고 주한미군의 기지가 이전되는 평택시 등 지방자치단체에 대한 지원을 통하여 지역발전을 촉진하며 이전지역 주민의 권익을 보호하는 데에 그 입법목적이 있다(제1조). 위 법은 주한미군의 기지이전을 위한 시설사업을 원활히 시행하기 위하여 제4조 내지 제13조에 이에 관한 인허가의 의제, 각종 부담금의 필수적 면제, 특별회계의 설치 등에 관한 규정을 두고 있다. 위 법은 나아가 제14조 이하에서 평택시 지역 개발에 관한 각종 혜택을 부여하는 규정을 두었으며, 특히 제20조에서 국가 및 지방자치단체로 하여금 평택시개발사업의 원활한 시행을 위하여 필요한 경우 평택시개발사업의 시행자에게 농지법 등이 정하는 바에 따라 농지보전부담금 등을 감면할 수 있도록 하는 규정을 두었다. 이에 따라 농지법 시행령은 앞서 살펴 본 바와 같이 평택시개발사업의 시행자가 농업진흥지역 밖에 조성하는 산업단지에 관하여 2015. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지 농지전용허가를 신청하는 경우에 한하여 농지보전부담금의 50%를 감면할 수 있도록 하는 이 사건 감면규정을 도입하였다. 

     따라서 이 사건 감면규정은 부담금 감면에 관한 특혜규정에 해당하고, 농지법 시행령이 2014. 12. 30. 개정되면서 시행일인 2015. 1. 1.부터 향후 3년간 농지전용허가를 신청하는 경우에 한하여 감면을 할 수 있도록 규정한 입법취지에 비추어 공평의 원칙에 어긋나지 않도록 엄격하게 해석하여야 한다. 

   다. 원심판결과 기록에 따르면 다음 사실을 알 수 있다.

    1) 평택시 △△동 일원 4,824,912㎡에 평택 ○○ 일반산업단지를 조성하는 평택시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 관한 산업단지계획 승인 등의 경과는 다음과 같다. 

     가) 평택시장은 2010. 2. 5. 이 사건 사업의 시행을 승인ㆍ고시하였으며(평택시 고시 제2014-95호), 피고 경기도지사는 2010. 3. 15. 이 사건 승인을 통해 위 지역을 이 사건 사업에 관한 산업단지로 지정하였다. 

     나) 피고 경기도지사는 2014. 4. 11. 구 사업시행자가 이 사건 사업을 계속 시행함이 불가하다는 이유로 이 사건 승인에 따른 산업단지 지정을 해제하고 산업단지계획 승인을 취소하였다가, 그 처분의 취소를 구하는 소송의 진행 중 법원의 조정권고에 따라 2016. 6. 27. 경기도고시 제2016-5146호 및 경기도고시 제2016-5147호로 취소처분을 철회하면서 ‘철회고시에 따른 도시관리계획 결정, 용도지역의 토지조서 및 기타 사항은 경기도 고시 제2010-70(2010. 3. 15.)호와 같음’이라고 부기하였다. 

     다) 피고 경기도지사는 2016. 8. 26. 개발기간을 2021. 12. 31.로 연장하는 내용의 이 사건 1차 변경고시를 하였는데, 이 과정에서 대상지역의 위치, 면적, 개발기간의 시기 등은 변경되지 않았다. 

     라) 이후 일련의 변경고시를 통해 이 사건 사업의 시행자가 구 사업시행자에서 원고들로 변경되었으나, 개발기간과 방법이 구 사업시행자가 단독으로 전체 사업을 시행하던 것에서 원고들마다 지역을 구분하여 각각 사업을 시행하도록 변경된 것 이외에 대상지역의 위치, 총 면적, 개발기간의 시기 등은 변경되지 않았거나 일부 경미한 부분이 변경되었다.  

    2) 피고 농림축산식품부장관이 이 사건 처분을 통해 원고들에게 농지보전부담금을 부과한 경위는 다음과 같다. 

     가) 피고 농림축산식품부장관은 2009. 10. 7. 경기도의 이 사건 승인 관련 농지전용 협의 요청에 대하여 사업시행자가 사업 시행 전 농지보전부담금을 납입할 것을 조건으로 동의하였다. 

     나) 피고 농림축산식품부장관은 2014. 4. 7. 부과기준일을 2010. 3. 15.로 하여 구 사업시행자에 대하여 72,404,831,210원의 농지보전부담금의 부과결정을 하였는데, 당시까지 구 사업시행자의 구체적인 사업계획(농지보전부담금 감면대상인 공공시설물들의 위치, 그 용도 편입 농지들의 지번 및 그 면적 등)이 확정되지 않아 전체 부과 대상 농지 면적의 70%에 해당하는 2,989,333㎡에 대하여 2009년 1월의 개별공시지가를 기준으로 농지보전부담금을 산정하였다. 피고 농림축산식품부장관으로부터 농지보전부담금의 수납업무를 위탁받은 피고보조참가인(이하 ‘참가인’이라 한다)은 2014. 4. 22.자로 구 사업시행자를 상대로 위와 같이 결정된 농지보전부담금 72,404,831,210원을 2014. 12. 31.까지 납입할 것을 통지하였다. 

     다) 2016. 6. 27.자로 이루어진 취소처분의 철회 이후 경기도는 산업단지계획 변경 승인을 위한 농지전용 협의를 요청하였고, 피고 농림축산식품부장관은 2016. 7. 15. 농지보전부담금 납입을 승인의 조건으로 하여 동의하면서 2016. 7. 19. 구 사업시행자에게 72,407,101,780원의 농지보전부담금을 부과하였는데, 위 금액은 여전히 2009년 1월의 개별공시지가를 기준으로 산정된 것으로 당시 경기도와 피고 농림축산식품부장관은 이를 기준으로 산정하는 것을 전제로 협의를 하였던 것으로 보인다. 

     라) 이 사건 1차 변경고시가 이루어짐에 따라 피고 경기도지사는 2018. 11. 28. 이 사건 사업에 관한 산업단지에 대하여 6,142,552,930원의 농지보전부담금 부과결정을 하였다. 위 부과금액은, 농지보전부담금 감면대상인 공공시설물들의 위치, 그 용도 편입 농지들의 지번 및 그 면적 등이 확정되어 공공임대주택 단지에 편입된 농지들(39,844㎡)은 50% 감면 규정을, 도로 등 공공시설 농지면적 846,014㎡에 대한 부분은 100% 감면 규정을 적용하는 한편, 기존 협의과정에서 누락되었던 사실상 농지 등을 조사하여 그 결과에 따라 추가로 납부대상으로 확인된 부과대상 면적을 반영하여 산정된 금액인 78,549,654,710원에서 2016. 7. 19.에 부과되었던 금액을 제외한 것으로, 위 부과금액 역시 2009년 1월 개별공시지가를 기준으로 하여 산정되었다. 

     마) 일련의 변경고시를 통해 원고들이 사업시행자의 지위를 취득함에 따라 원고들은 피고 경기도지사에게 2017. 9. 18. 농지보전부담금 등에 대한 일체 권한의 양도ㆍ양수계약서를 제출하였고, 참가인은 2018. 12. 12. 원고들에게 위와 같은 농지보전부담금을 추가로 납입할 것을 통지하였다. 

   라. 위와 같은 사실관계에 비추어 볼 때, 이 사건 승인과 그 이후 이루어진 이 사건 1차 변경고시 및 일련의 변경고시는 단일한 목적 내지 의사 하에 이루어진 일련의 처분에 해당하며, 그 과정에서 이 사건 사업이 시행되는 대상지역이 부분적인 위치와 면적 외에는 변경되지 않았던 이상, 이 사건 1차 변경고시 및 일련의 변경고시를 통해 의제된 농지전용허가 역시 이와 동일하게 평가할 수 있다. 

    이를 앞서 본 법리와 종합하면, 이 사건 처분에 따른 농지보전부담금은 2015. 1. 1. 전에 다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 협의를 신청한 경우에 대하여 부과된 것으로 보아야 하며, 이 사건 사업에 따라 조성되는 산업단지는 이 사건 감면규정에서 정한 감면요건을 충족하지 못하였다고 봄이 타당하다. 

    그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 이 사건 감면규정의 해석 및 농지보전부담금 감면대상에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 취지의 상고이유 주장은 이유 있다. 

  3. 파기범위  

   주관적ㆍ예비적 공동소송은 동일한 법률관계에 관하여 모든 공동소송인이 서로간의 다툼을 하나의 소송절차로 한꺼번에 모순 없이 해결하는 소송형태로서 모든 공동소송인에 관한 청구에 대하여 하나의 종국판결을 내려야만 하므로, 앞서 본 바와 같이 원심판결 중 주위적 피고에 대한 청구 부분에 파기사유가 있다면 그 전부를 파기하여야 한다. 

  4. 결론 

   그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.